Новая история развивается по прошествии года с «Инцидента в Тачикаве». Система «Общество», которая способна преобразовать души в физическую форму, все ещё существует и благополучно действует. Теперь она перешла в руки к молодому парню Руи Ниномия от инопланетного существа Берг-Катце. Герой благодаря своему уму и сноровке смог улучшить систему.
Она стремительно начала увеличивать количество пользователей по всему миру. Усовершенствование системы поддержал даже сам премьер-министр Японии Сэйтаро Сугаяма. Но, даже несмотря на это, не всем нравились такие улучшения. Некая группа противников решились пойти на большее и атаковать самолёт премьер-министра. Такие события привели к новому конфликту.