Сакуракодзи Сакура – симпатичная и добрая девочка. Однажды сев в автобус, она увидела на улице людей, охваченных синим пламенем. Между ними стоял мальчик примерно ее возраста и весело смеялся. На следующий день она возвращается на место происшествия, но там ничего не находит. Огами Рей – сильный парень, недавно переехавший с другого города. Мальчик приходит в ее класс и выглядит так же, как и вчерашний поджигатель.
Оказывается, Огами и есть Code:Breaker. Он кажется хладнокровным убийцей, который следует принципу «око за око, зуб за зуб, зло за зло». Героиня, убежденная в том, что такое поведение неуместно, решает остановить Огами. Но сможет ли она это сделать? Ведь если он ее заметит, то может случиться что-то плохое.
