В далеком прошлом, в Древнем Египте, существовала игра, которая требовала магических способностей. Но постепенно, любимое развлечение привело к ужасным последствиям. Огромная темная энергия была высвобождена, подобное угрожало уничтожению всего человечества. Фараон решил запечатать силу в артефакт, но отдал собственную жизнь.
Прошло три тысячи лет, Юги Муто, являющийся обыкновенном студентом, собрал воедино древнюю вещь, которую отыскал его дед. Из-за данного поступка, в теле первостепенного персонажа возродилась душа погибшего фараона. Последний совершенно не помнит своей прошлой жизни. Играя в "Игру Теней", главный герой с друзьями пытаются выяснить тайны воспоминаний бывшего правителя Египта.
