В этом фантастическом мире, где играют волшебными картами, между двумя планетами – Гандалией и Ниатией идёт война. В попытке захватить Ниатию, Гандалия использует не только бакуганов, но ещё людей. Возмущенные подобными выходками, бывшие гандальские служащие Ден, Шун, а также Маручо переходят к Ниатии. Джейк – хороший друг Дэна, принцесса Фабия и Рэн из Гандалии хотят помочь им совершить это.
Но для победы в этой борьбе им нужно победить «Двенадцать приказов» - таинственная организация, в которой состоят суперагенты и чиновники. Они собираются поработить все планеты системы Бакуган, в то время, как Гандалия хочет для начала избавиться от Ниатии, а потом добраться и до планеты Земли. Сможет ли Дэн противостоять недоброжелателям вместе со своими друзьями, или всё безнадёжно, и вселенское зло окажется сильнее?
