Еще в начале 2005 года город Токио оказался в огромной опасности. Тогда из-под земли стали выбираться инопланетные монстры Зондеры. Они уничтожали все на своем пути, никого не жалея. Сразиться с такими опасными монстрами могли только сотрудники тайной организации Gutsy Geoid Guard. Дело в том, что они создали огромного робота, которого стали называть GaoGaiGar.
Управлять такой машиной может опытный пилот Гай Шишио. Этот мужчина является бывшим астронавтом, который смог чудом выжить во время первого пришествия инопланетян. Гая спас странный робот-лев, который смог доставить героя на Землю. Отец пилота сделал из своего сына киборга, надеясь на то, что в будущем его ребенок спасет планету от нападений.