Жизнь Томы Камидзе немного устаканилась, а миру больше не грозит опасность. Однако парень лишился одной важной вещи — своей памяти. Это была бы отличная возможность начать жизнь с чистого листа и забыть о прошлых свершениях. Индекс — монахиня тайной организации Англиканской церкви не даёт заслуженного покоя Томе. Настоятельница вырывает Камидзе из привычного ритма жизни.
Люди науки и магии вновь грозят развязать войну. В этот раз в центре конфликта Академия-Сити против церквей из разных стран. Тома вновь окунается в мир японских заговоров, запрещённых книг и воссоединяется со старыми товарищами. Союзы эсперов снова что-то замышляют, а ученые Академии готовятся к новым экспериментам.