История имеет свое продолжение вокруг команды учеников-разведчиков, обучающихся в старших классах, которым поручено выполнить задание по обороне Японии. Им приходиться преодолевать новые опасности в виде террористических организаций и других разведчиков. Нагиса Шиота, как и прежде находится во главе команды, применяя свой опыт и интеллектуальные способности, чтобы установить источник опасности и обезвредить его.
Помимо этого, на протяжении второго сезона обнаруживаются новые тайны из прошлой жизни героев и продолжаются отношения между ними, включая взаимоотношения Нагисы с его прежней преподавательницей Коросенсеи. После возвращения в свою школу главные персонажи выявляют организацию, планирующую теракт для уничтожения японского руководства и большого количества городов. Персонажи налаживают связь с другими шпионами, чтобы предотвратить действия террористов. Между тем они продолжают учебу и развивают свое шпионское мастерство. Также возникают новые герои, от которых зависит дальнейший сюжет аниме.
