В мире, где небо разрезают летающие корабли, а на земле трудятся удивительные технологии, живет маленькая девочка по имени Сита. Ей достался загадочный кристалл, известный как Летающий камень, власть над которым хотят заполучить зловещие воздушные пираты и тайные агенты правительства. Верится, что этот кристалл может открыть путь к легендарному летающему острову Лапута, где, согласно одной из преданий, спрятаны несметные сокровища. Сита всегда носит этот кристалл как талисман на своей шее.
Однажды, чудом избежав плена, когда она сбежала с дирижабля тайных агентов, Сита встретила мальчика из шахтерского поселка, и они стали неразлучными друзьями. Вместе им предстоит отправиться в захватывающее приключение - поиски загадочного летающего острова Лапута.
