Девятый отдел МВД Японии создан для раскрытия преступлений, справиться с которыми правоохранительные органы не в силах. Под руководством Дайсукэ Арамаки находится майор 501 подразделения, Мотоко Кусанаги, которая ещё в юности перенесла операции по киборгизации и стала роботом с человеческим интеллектом. Их задача основывается на расследовании взрыва в Ньюпорт-Сити. Однако следствие Мотоко будет вести не одна.
К ее компании присоединяются детектив Тогуса, сферой деятельности которого является работа с серийными убийцами, и Бато — ветеран и экс-рэйнджер, который в прошлом был инициатором множества конфликтов, перетекавших в кровавые бедствия. Именно эти необычные герои под руководством Дайсукэ положили начало появлению девятого отдела. Их главная цель заключается в том, чтобы помешать планам террористов сбыться.
