Бесконечные войны между социальными группами людей истощили ресурсы планеты. Остатки человечества, понимая, что могут не выжить, объединяются и создают космические корабли, на которых отправляются исследовать Вселенную. Уже через сто лет они заселили свою Галактику и отправились осваивать другие.
Макросс Фронтир — один из галактических кораблей, что занимается не только исследованиями, но и достаточно вооружен, хотя его экипаж предпочитает мирные решения проблем. И это у них удаётся, поскольку, после продолжительных войн, великаны Зентранди пошли на переговоры и заключение мирного договора. Но их приключения продолжаются, когда борт посещает известная певица Шерил Ном, что принесла тревожные вести. Ситуация обостряется и в отношениях с вожаком инсектоидов — Варжей, что начинает военный конфликт.
