Аято Камино — японский старшеклассник, что вскоре собирается выпускаться. Вокруг очень мало людей и они только привыкли к более-менее спокойной жизни. Дело в том, что апокалипсис наступил. В результате чего, весь мир был уничтожен, а единственным островком жизни на планете стал Токио — город, защищенный мощным силовым полем и высоченной, бронированной стеной.
Он планирует свою дальнейшую жизнь, но все его планы рушатся вместе с барьером. На территорию населенного пункта врываются истребители, которым противостоят таинственные роботы. В этой суматохе, юноша встречает таинственную женщину, к которой чувствует притяжение. Это была судьбоносная встреча, ведь именно она привело его к Ра-Зефон — богоподобному существу, что является инструментом вселенной.