На протяжении второго сезона Арараги Койоми в компании своих друзей попадает в мистические приключения. И в то же время он встречается с мононокэ, необыкновенными созданиями из японской фольклористики, которые обладают способностью изменять свой внешний облик, из-за чего появляются очередные трудности. Койоми применяет свои познания и опыт, чтобы оказать помощь в решение проблем и уберечь людей от опасностей, исходящих от мононокэ.
В этом сезоне рассказывается об отношениях между главным героем и его двоюродной сестрой Канбарой, а также Шинобу, которая является вампиром. Второй сезон посвящен тематике времени и памяти. Арараги пересматривает собственные отношения с личностями, в окружении которых он находится, а также прошедшие события для более верного осознания своей миссии на Земле и своего значения в противостоянии мононокэ. Помимо этого, во втором сезоне рассказывается об остальных персонажах, обладающих собственной историей и мотивациями, от которых зависят дальнейшие события.
