Для непосвященных в тайну людей, ниндзюцу полностью уничтожилось в эпоху Токугава, но на самом деле, он сохранил свою суть и ушёл в тень, это было специально спланировано, дабы скрыть их существование. У правительства и могущественных людях есть в подчинении ниндзя, которые проходят обучения в специальных учреждения, находящиеся под прикрытием. Академия Хандорин с виду обычная школа, но внутри по специальной методике Кирио-сенсэя тренируются девушки, им предстоит стать продолжением поколения синоби.
Простая и спокойная Асука, демонстративная Икаруга, Кацураги с раскрепощенным поведением, Ягю, у которой нет одно глаза и миловидная Хибари. Ученицы прошли первый экзамен, и чтобы проверить их в деле, учитель отправляет девиц в торговый район, где они должны пройти простую миссию.
