С последних событий время пролетело, как бешеное, и вот два года уже позади. Но для главных героев все ещё только начинается. Ведь за это время они уже стали опытными синоби, достигнув ранговых значений тюнин и дзёнин. Но и это не все – они добились того, что стали учениками легендарных трех ниндзя Конохи. Наруто достался мудрый, но эксцентричный Дзирайи, с которым может улучшать навыки боя.
Сакура подалась в помощницы Цунадэ – целительницы и вождя Деревни Листвы. Саскэ, после ухода из деревни решает заключить союз с Оротимару и использовать его для своих планов, впрочем, Оротимару преследует ту же цель. Но что это? Коноху снова наводняют раздоры, пошедшие от первых Хокаге. У Акацуки назревает план, как склонить мир к своим ногам, а в Деревне Песка раскрываются тайны, за которые придётся платить.
