Обычный школьник и поклонник игры «Дигимон» Такато Мацуда. После игры с друзьями он находит среди своих карточек ту, которой у него раньше не было. Когда он вставляет ее в свой игрушечный дигивайс, тот начинает светиться и превращается в настоящий. Такато становится укротителем Дигимонов и создает из рисунка своего собственного Дигимона – Гилмона.
Тем временем в Токио начинается вторжение Дигимонов через цифровые порталы. Такато с другими укротителями сражаются за спасение города и в этом им помогает специальная организация – Гипнос. В процессе борьбы за мирное существование укротители должны отправиться в цифровой мир и остановить нашествие с тыла и затем, вернувшись обратно в реальный мир, победить прорвавшихся боссов.